Archiv der Kategorie: Open Access

Offene EHEC-Forschung

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Das Potenzial des Webs für die Wissenschaft lässt sich dieser Tage am Beispiel der EHEC-Forschung dokumentieren. Kai Kupferschmidt schildert die Entwicklungen rund um die Sequenzierung des EHEC-Erregers vor Tagen in der Science wie folgt: „scientists around the world […] are analyzing available genomic data on the fly and, via tweets, wikis, and blogs, disseminating results online“.

Die Bedeutung von Blogs und Wikis bei der EHEC-Forschung wird in einem äußerst lesenswerten Interview mit der Bioinformatikerin Marina Manrique, das Tobias Maier in seinem Blog WeiterGen veröffentlicht hat, deutlich. Manrique arbeitet für die spanische Biotech-Firma Era7 und ist mit der Auswertung der EHEC-Sequenzen beschäftigt. Auszug aus dem Interview:

„Es ist fantastisch zu sehen, wie weltweit Wissenschaftler angefangen haben, zusammen diese Daten zu analysieren. […] Die Freigabe der Rohdaten durch BGI, Lifetech und der Health Protection Agency Großbritannien war entscheidend für dieses Crowdsourcing-Bewegung, genauso wie die Nutzung von Twitter, GitHub und die privaten Blogs. […]  Am wichtigsten ist, dass dadurch dass wir unsere Ergebnisse Open-Access publizieren, vor allem unter CC0 Lizenz, wir allen Menschen die Möglichkeit geben kostenlos auf die komplett öffentlich zugänglichen Daten zu zu greifen.

Wie schnell und unbürokratisch die Forschung des Teams um  Manrique ablief erklärt sie in ihrem Blog:

During the morning sessions of the second day (2nd of June) BGI announced the release of the sequencing data of 5 IonTorrent chips […]. Just some hours later Nick Loman […] published a de novo assembly of the reads with MIRA in his blog […] . And then, some hours later (in the morning of the 3rd of June) we published the annotation of the Nick’s assembly in our website. We annotated it with the pipeline (BG7 pipeline) we were presenting at the conference […].

Die Bedeutung von Blogs, die eine schnelle und niedrigschwellige Kommunikation fördern, lässt sich z.B. an Blogposts von Nick Loman (Pathogens: Genes and Genomes) und Kat Holt (bacpathgenomics) und den dort erwähnten Referenzen zeigen.

Verschiedene kommerzielle und öffentliche Forschungseinrichtungen haben EHEC-Daten, zum Teil unter Creative-Commons-Lizenzen, zur Nachnutzung veröffentlicht. So z.B. die Health Protection Agency in Großbritannien oder das chinesische Beijing Genomics Institute (BGI) und das Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf. Die Daten der beiden letztgenannten Organisationen wurden unter CC0 veröffentlicht und sind darüber hinaus über einen Digital Object Identifier (DOI) eindeutig adressierbar.

Eine kollaborative Analyse der EHEC-Daten wird auf GitHub betrieben. Interessant ist, dass mit GitHub eine Plattform genutzt wird, die nicht von einer wissenschaftlichen Infrastruktureinrichtung geschaffen wurde, sondern von einem kommerziellen Hostingservice zur Software-Entwicklung.

Anhörung der EU-Kommission zu Open Access

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Am 30. Mai 2011 fand in Brüssel eine Anhörung der Europäischen Kommission zum Thema „Scientific Information in Europe“ statt. Folgende Themen standen hier im Mittelpunkt:

  • 1. Zugänglichkeit zu wissenschaftlicher Information,
  • 2. Langzeitarchivierung von wissenschaftlichen Ergebnissen,
  • 3. Evaluierung im Wissenschaftssystem,
  • 4. Maßnahmen auf Ebene der Mitgliedstaaten und der EU.

Ziel der Anhörung war, der Kommission Ideen und Anregungen für weitere Maßnahmen in den genannten Themenfeldern zu geben. Im Folgenden seien einige Statements dokumentiert, die mittlerweile im Web veröffentlicht wurden:

Hinweise auf weitere Statements sind willkommen. Gerne aktualisiere ich diese Liste.

Gesamtkonzept für die Informationsinfrastruktur online

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Das „Gesamtkonzept für die Informationsinfrastruktur in Deutschland“ ist online. Erstellt wurde das Gesamtkonzept von der Kommission Zukunft der Informationsinfrastruktur (KII), die im Auftrag der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz (GWK) arbeitete. Auszug aus der Pressemitteilung der Leibniz-Gemeinschaft:

Die Zusammensetzung der Kommission stellt ein Novum dar. Sie repräsentiert die maßgeblichen Akteure der Informationsinfrastruktur in Deutschland, und zwar sowohl die Dienstleister selbst als auch die Förderorganisationen ebenso wie die wissenschaftlichen Nutzer.

Die Kommission definiert „Informationsinfrastruktur“ als nationales, disziplinübergreifendes „Netz“ von Einrichtungen. Diese nehmen dezidiert in öffentlichem bzw. institutionellem Auftrag die Versorgung im weitesten Sinne von Wissenschaft und Forschung mit Information und damit zusammenhängenden Dienstleistungen wahr. Vor diesem Hintergrund wird dem Konzept ein ganzheitlicher, strukturorientierter Ansatz zugrundegelegt. Disziplin-, sparten- und institutionenübergreifend werden acht Handlungsfelder beleuchtet, die aus heutiger Sicht für die Informationsinfrastruktur von zentraler Bedeutung sind:

  1. Lizenzierung
  2. Hosting / Langzeitarchivierung
  3. Nichttextuelle Materialien
  4. Retrodigitalisierung / kulturelles Erbe
  5. Virtuelle Forschungsumgebungen
  6. Open Access
  7. Forschungsdaten
  8. Informationskompetenz / Ausbildung.

Alle Handlungsfelder stehen miteinander in Zusammenhang. Darüber hinaus wurden 5 der 8 Themen parallel und in Kooperation zwischen der Kommission und der Allianz-Schwerpunktinitiative Digitale Information behandelt.

(Disclosure: Ich war an zwei KII-AGs beteiligt.)

Open Access in der deutschen Wissenschaft

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Die Kolleginnen Sünje Dallmeier-Tiessen (CERN) und Anja Lengenfelder (MPG) haben eine interessante Analyse der Study of Open Access Publishing (SOAP) veröffentlicht. In ihrem Paper, das Lengenfelder heute auf dem 100. Deutschen Bibliothekartag vorstellte, analysieren die Autorinnen die Einstellung von 3.000 in Deutschland arbeitenden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern. Auszug aus dem Abstract:

Im Ergebnis zeigt sich eine sehr positive Meinung zu Open Access, die sich mit den weltweiten Daten deckt. Ein erheblicher Anteil der in Deutschland arbeitenden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler hat bereits Erfahrung mit Open Access Publikationen. Die Finanzierung der Publikationsgebühren wird als eines der Haupthindernisse bei der Open Access Publikation angegeben. Verschiedene Finanzierungsquellen werden hierfür genutzt: In Deutschland sind dies, insbesondere bei Angehörigen der außeruniversitären Forschungseinrichtungen, überdurchschnittlich häufig institutionelle Fonds.

Die Daten der gesamten SOAP-Studie mit 38.358 Statements von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern stehen weiterhin unter CC0 zur Nachnutzung bereit.

In diesem Kontext auch der Hinweis auf den Call for Paper der diesjährigen Open-Access-Tage, die vom 4. bis 5. Oktober 2011 an der Universität Regensburg stattfinden. Vortragsvorschläge sind bis zum 8. Juli 2011 willkommen.

„Es wird Zeit, alle alles lesen zu lassen“

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In der Mittwochausgabe der FAZ findet sich ein lesenswerter Artikel von Hans-Jochen Schiewer, Rektor der Universität Freiburg. Dieser schildert seine Sicht auf die Transformation des subskriptionsbasierten Publikationssystems hin zu Open Access. Weiter beschreibt er die Open-Access-Strategie der League of European Research Universities (LERU), die diesen Monat in Brüssel präsentiert wird. Auszug:

„Die Idee des Open Access entspricht ganz den traditionellen Werten und Zielen akademischen Arbeitens, das auf Kollegialität, dem Austausch von Ideen und Ergebnissen, der gemeinsamen Suche nach Erkenntnis und der Verbreitung von Wissen zum Wohle der Gesellschaft insgesamt beruhen. Erst das digitale Zeitalter ermöglicht einen gemeinsamen freien Zugang zu wissenschaftlicher Erkenntnis und zu Forschungsdaten, wie er zuvor unter den Bedingungen des Druckzeitalters nicht denkbar war. Entscheidend dabei ist die Auswirkung dieses neuen Instruments auf die Entwicklung einer Gesellschaft, die den Leitbegriffen von Open Scholarship und Open Knowledge verpflichtet ist.“

Auf IUWIS rezensiert Ben Kaden den Aufsatz. (Apropos IUWIS: Es wäre fantastisch, wenn IUWIS COinS nutzen würde.)

Innovationspotenzial für die Volkswirtschaft

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Zwei Beratungsunternehmen haben diese Woche Publikationen zu den Themenfelden Open Access und Forschungsdaten veröffentlicht.

Das McKinsey Global Institute (MGI) hat eine Studie zum Thema Big Data veröffentlicht, in der u.a. das Potenzial frei zugänglicher Forschungsdaten betont wird. Auszug:

„Making big data more accessible in a timely manner. In the public sector, making data more accessible across otherwise separated departments can sharply reduce search and processing time. In manufacturing, integrating data from R&D, engineering, and manufacturing units to enable concurrent engineering can cut time-to-market.“

Die Forschungsabteilung der Deutschen Bank befasst sich in der Studie „Die digitale Gesellschaft: Neue Wege zu mehr Transparenz, Beteiligung und Innovation“ (PDF) mit Open Access. Dort heißt es:

„Eine aktive Open Access-Politik kann Wissen effizienter und kostengünstiger verbreiten und sorgt somit für ein höheres Innovationspotenzial in der Volkswirtschaft.“

(via netzpolitik.org und CNI)

„Kampf gegen wissenschaftliches Fehlverhalten aufnehmen“

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Unter diesem Titel hat die SPD gestern einen Antrag (17/5758) in den Bundestag eingebracht. Hintergrund sind die aktuellen Plagiatsaffären um zu Guttenberg, Koch-Mehrin und Saß. In dem Papier (PDF) wird die „Verantwortung des Bundes für den Ruf des Forschungsstandortes Deutschland“ betont. Nach Vorstellung der SPD-Fraktion soll die Bundesregierung zehn Maßnahmen zur Sicherung der guten wissenschaftlichen Praxis umsetzen. U.a. fordert die SPD:

  • eine Initiative der Bundesländer „um bundesweite Kriterien zur Definition, zum Umgang mit und zur Ahndung von Fällen wissenschaftlichen Fehlverhaltens zu definieren“,
  • die Prüfung, „ob die Strafen für wissenschaftliches Fehlverhalten […] vereinheitlicht werden können“,
  • die „Entwicklung von Anti-Plagiatssoftware zu unterstützen und ihren verstärkten Einsatz zu befördern“.

Darüber hinaus soll die Leopoldina beauftragen werden, eine Stellungnahme zur „Bewertung von und Sanktionen bei wissenschaftlichem Fehlverhalten“ auszuarbeiten. Leider berücksichtigt auch die SPD nicht das Potenzial von Open Access zur Aufdeckung und Vermeidung von Plagiaten und Fälschungen. In weiteren Maßnahmen wird der Blick auf die europäische und internationale Ebene gelenkt.

Im europäischen Kontext muss auf zwei interessante Publikationen der European Science Foundation (ESF) zur Qualitätssicherung in der Wissenschaft hingewiesen werden, die bisher in Deutschland nur wenig Beachtung gefunden haben.

Im April veröffentlichte die ESF gemeinsam mit dem Akademien-Verbund ALLEA (All European Academies) einen „European Code of Conduct for Research Integrity“ (PDF). Der Code wurde bereits 2010 auf der Second World Conference on Research Integrity vorgestellt und ist das Ergebnis einer gemeinsamen Arbeitsgruppe der beiden Organisationen. Eine Website der ESF informiert über die Entstehungsgeschichte und vorhergehende Publikationen.

Bereits im März veröffentlichte die ESF einen „European Peer Review Guide“ (PDF). Dieser ist auf Basis einer ebenfalls veröffentlichten Studie entstanden ist. Auszug aus der Pressemitteilung zur Veröffentlichung:

„Peer review is an internationally recognised way of assessing the quality and excellence in all research. The European Peer Review Guide will help all research funding organisations to learn more about different peer review processes, to perform evaluations more efficiently and with better quality,” said Dr Risto Vilkko, Science Adviser for Finland’s Research Council for Culture and Society, who contributed to the guide. The guide is based on a comprehensive survey that benchmarked and identified good practice amongst the many different systems and criteria currently in use in European countries. This includes research funding and performing organisations, councils, private foundations and charities, which all have roles in evaluating research applications.”

Nicht weniger Interessant ist, dass sich das Science and Technology Committee des britischen Parlaments heute in einer Anhörung mit dem Thema Peer Review befasst hat. Eine Videoaufzeichnung der Anhörung ist online.

Plädoyer für Open Access auf DRadio

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Marco Winkler vom Universitätsverlag Potsdam hat mich auf das hörenswerte Radiofeuilleton von Jörg Kantel zum Thema Open Access aufmerksam gemacht. Kantels Forderung „Wissenschaftliche Erkenntnisse müssen im Internet frei verfügbar sein!“ wurde heute Morgen auf  Deutschlandradio Kultur gesendet und ist als Podcast nachhörbar.

Kantel bloggt als Schockwellenreiter und ist am Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte tätig. Das Institut hat Anfang des Jahres mit weiteren MPIs eine „Edition Open Access“ gestartet. In der Edition werden Publikationen  zur Wissenschaftsgeschichte hybrid (print/open access) publiziert.

In diesem Zusammenhang auch der verspätete Hinweis auf weitere Interviews zum Thema Open Access: Die Zeitschrift Buchreport hat Bettina Goerner von Springer befragt  (14.04.2011) und ich habe, im Kontext meiner Arbeit für die Helmholtz-Gemeinschaft, dem Springer-Newsletter „Society Zone“ (04.04.2011) ein paar Fragen beantwortet.

Foto: MPIWG (CC: BY-NC-SA)

„The architecture of access to scientific knowledge: just how badly we have messed this up“

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Dies ist der Titel eines sehenswerten Vortrags von Lawrence Lessig am CERN. Eine Videoaufzeichnung ist online:

Mit Blick auf die laufenden Diskussion hierzulande, ist der Klick auf den Abschlussbericht des Google-Collaboratory  „Internet & Gesellschaft“ sowie der Blick auf die Statements zum Dritten Korb bei iRights.info empfohlen.

LINKE fordert unabdingbares Zweitveröffentlichungsrecht

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Nachdem die SPD im März bereits einen Gesetzentwurf für eine Zweitveröffentlichungsrecht in den Bundestag eingebracht hat, widmet sich die Linksfraktion nun in einem eigenen Antrag (17/5479) dem Thema. Unter dem Titel „Wissenschaftliche Urheberinnen und Urheber stärken – Unabdingbares Zweitveröffentlichungsrecht einführen“ fordert die LINKE die gesetzliche Verankerung von Open Access. Nach den Vorstellungen der LINKE soll das Zweitveröffentlichungsrecht folgende Bedingungen berücksichtigen:

  • „Das Recht erstreckt sich auf alle wissenschaftlichen Publikationen, die überwiegend aus öffentlichen Mitteln finanziert worden sind.“
  • „Eine Zweitveröffentlichung wird nicht nur in nichtkommerziellen, sondern auch in kommerziellen Publikationen ermöglicht.“
  • „Die Sperrfrist, nach der das Zweitverwertungsrecht in Anspruch genommen werden kann, beträgt höchstens sechs Monate.“
  • „Das Recht gilt auch für eine formatgleiche Zweitveröffentlichung, deren Ursprung in der Erstveröffentlichung jedoch anzugeben ist.“
  • „Vertragliche Vereinbarungen, die das Zweitveröffentlichungsrecht einschränken, sind unwirksam.“

Der Bundestag hat dazu eine kurze Meldung veröffentlicht.