BMBF-Thesenpapier zum zukünftigen Internet

Das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) hat im Rahmen der Konferenz „Zukünftiges Internet“ (Berlin, 05.07 -06.07.2011) eine Thesenpapier (PDF) zum zukünftigen Internet veröffentlicht. Das Papier umfasst zehn Thesen, die aus Sicht des Ministeriums zentrale Punkte bei der Entwicklung des Internets aufgreifen. Einen Bericht zur Konferenz von Richard Sietmann findet sich auf heise online.

Für mich etwas überraschend findet die Bedeutung des Internets für Forschung und Lehre keine eigenständige Betrachtung in den BMBF-Thesen. Wer sich jedoch einen Überblick über Stand und Entwicklung der digitalen und vernetzten Forschung in Deutschland machen will, kann sich durch den jetzt erschienen Tagungsband (PDF) der Konferenz „Digitale Wissenschaft 2010“ klicken, den wisspub-Kollege Cornelius Puschmann mit herausgegeben hat.

In 28 Beiträge von 61 Autorinnen und Autoren werden auf 210 Seiten die Themenfelder „Digital Humanities“, „Wissenschaftskommunikation und Web 2.0“, „E-Science und Forschungsdatenmanagement“ sowie „Elektronisches Publizieren und Open Access“ behandelt. (Disclosure: Auch ein Beitrag von mir ist enthalten.)

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Kriterien zur Zukunft des wissenschaftlichen Journals

In eigener Sache: Auf beyondthejournal.net ist eine überarbeite und englischsprachige Version von Kriterien zur Zukunft der wissenschaftlichen Zeitschrift zu finden. Die Version stammt aus der Feder von Daniel Mietchen, Lambert Heller und mir. Der Text entstand im März 2011, er hat es jedoch erst jetzt ins Web geschafft. Auszug:

Dynamics: Research is a process. The scientific journal of the future provides a platform for continuous and rapid publishing of workflows and other information pertaining to a research project, and for updating any such content by its original authors or collaboratively by relevant communities.

Scope: Data come in many different formats. The scientific journal of the future interoperates with databases and ontologies by way of open standards and concentrates itself on the contextualization of knowledge newly acquired through research, without limiting its scope in terms of topic or methodology.

Access: Free access to scientific knowledge, and permissions to re-use and re-purpose it, are an invaluable source for research, innovation and education. The scientific journal of the future provides legally and technically barrier-free access to its contents, along with clearly stated options for re-use and re-purposing.

Replicability: The open access to all relevant core elements of a publication facilitates the verification and subsequent re-use of published content. The scientific journal of the future requires the publication of detailed methodologies, including all data and code, that form the basis of any research project.

Review: The critical, transparent and impartial examination of information submitted by the professional community enhances the quality of publications. The scientific journal of the future supports post-publication peer review, and qualified reviews of submitted content shall always be made public.

Presentation: Digitization opens up new opportunities to provide content, such as through semantic and multimedia enrichment. The scientific journal of the future adheres to open Web standards and creates a framework in which the technological possibilities of the digital media can be exploited by authors, readers and machines alike, and content remains continuously linkable.

Transparency: Disclosure of conflicts of interest creates transparency. The scientific journal of the future promotes transparency by requiring its editorial board, the editors and the authors to disclose both existing and potential conflicts of interest with respect to a publication and to make explicit their contributions to any publication.

Der Text steht unter einer CCo-Lizenz. Kommentare sind auf beyondthejournal.net willkommen. Bearbeitungen sind erwünscht.

Offene EHEC-Forschung

Das Potenzial des Webs für die Wissenschaft lässt sich dieser Tage am Beispiel der EHEC-Forschung dokumentieren. Kai Kupferschmidt schildert die Entwicklungen rund um die Sequenzierung des EHEC-Erregers vor Tagen in der Science wie folgt: „scientists around the world […] are analyzing available genomic data on the fly and, via tweets, wikis, and blogs, disseminating results online“.

Die Bedeutung von Blogs und Wikis bei der EHEC-Forschung wird in einem äußerst lesenswerten Interview mit der Bioinformatikerin Marina Manrique, das Tobias Maier in seinem Blog WeiterGen veröffentlicht hat, deutlich. Manrique arbeitet für die spanische Biotech-Firma Era7 und ist mit der Auswertung der EHEC-Sequenzen beschäftigt. Auszug aus dem Interview:

„Es ist fantastisch zu sehen, wie weltweit Wissenschaftler angefangen haben, zusammen diese Daten zu analysieren. […] Die Freigabe der Rohdaten durch BGI, Lifetech und der Health Protection Agency Großbritannien war entscheidend für dieses Crowdsourcing-Bewegung, genauso wie die Nutzung von Twitter, GitHub und die privaten Blogs. […]  Am wichtigsten ist, dass dadurch dass wir unsere Ergebnisse Open-Access publizieren, vor allem unter CC0 Lizenz, wir allen Menschen die Möglichkeit geben kostenlos auf die komplett öffentlich zugänglichen Daten zu zu greifen.

Wie schnell und unbürokratisch die Forschung des Teams um  Manrique ablief erklärt sie in ihrem Blog:

During the morning sessions of the second day (2nd of June) BGI announced the release of the sequencing data of 5 IonTorrent chips […]. Just some hours later Nick Loman […] published a de novo assembly of the reads with MIRA in his blog […] . And then, some hours later (in the morning of the 3rd of June) we published the annotation of the Nick’s assembly in our website. We annotated it with the pipeline (BG7 pipeline) we were presenting at the conference […].

Die Bedeutung von Blogs, die eine schnelle und niedrigschwellige Kommunikation fördern, lässt sich z.B. an Blogposts von Nick Loman (Pathogens: Genes and Genomes) und Kat Holt (bacpathgenomics) und den dort erwähnten Referenzen zeigen.

Verschiedene kommerzielle und öffentliche Forschungseinrichtungen haben EHEC-Daten, zum Teil unter Creative-Commons-Lizenzen, zur Nachnutzung veröffentlicht. So z.B. die Health Protection Agency in Großbritannien oder das chinesische Beijing Genomics Institute (BGI) und das Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf. Die Daten der beiden letztgenannten Organisationen wurden unter CC0 veröffentlicht und sind darüber hinaus über einen Digital Object Identifier (DOI) eindeutig adressierbar.

Eine kollaborative Analyse der EHEC-Daten wird auf GitHub betrieben. Interessant ist, dass mit GitHub eine Plattform genutzt wird, die nicht von einer wissenschaftlichen Infrastruktureinrichtung geschaffen wurde, sondern von einem kommerziellen Hostingservice zur Software-Entwicklung.

FAZ zur Rolle des Web 2.0 in der Wissenschaft

Im Wissenschaftsteil der FAZ von heute findet sich ein lesenswerter Artikel von Joachim Müller-Jung zur Nutzung von Blogs und Microblogs in der Wissenschaft.

Der Artikel „Heißer Dampf über unseren Köpfen“ beschreibt anhand einiger Beispiele, wie z.B. des „Arsen-Paper“ von Felisa Wolfe-Simon et al. und des „Stalking the fourth domain of life-Papers“ von Jonathan Eisen et al., den Einfluss des Web 2.0 auf die Wissenschaftskommunikation. Neben der Beschreibung des Potenzials, schlägt Müller-Jung gegen Ende des Artikels nachdenkliche Töne an:

„Ein Blog als Fluchtpunkt der seriösen Wissenschaftskommunikation und als Zielort maximaler Transparenz? Seine Botschaft hatte Eisen jedenfalls via Twitter und Facebook schnell verbreitet. Wie groß aber wird die Bereitschaft zu einer so gehaltvollen Aufbereitung bei jenen Autoren sein, die weniger vernetzt sind und weniger schreibfreudig, die dafür aber ihre Meriten der wissenschaftlichen Kernerarbeit zu verdanken haben? Sollen sie ins kommunikative Abseits geraten?“

Research Gone Social

Im Rahmen der diesjährigen New Yorker Social Media Week hat Mendely eine Session unter dem Motto „Research Gone Social“ veranstaltet. Eine Video-Aufzeichnung der Session ist nun online.

Die Vortragenden, Chris Wiggins (Columbia University), Gabriel Willow (WildLab), Margaret Smith (New York University Libraries) und Jan Reichelt (Mendeley), beschreiben in ihren Vorträgen Wirkung und Potenzial des Netzes auf den wissenschaftlichen Erkenntnisprozess. Die Themen der Vorträge reichen dabei von „data-driven science“ über „citizen science“ und „social media“ bis hin zum „reference managment“. Der Klick auf das Video lohnt sich.(via Victoria Stodden)

Citizen Science – Projekte in Deutschland gesucht

Unter dem Begriff Citizen Science versteht man wissenschaftliche Projekte, die auf die Beteiligung von Freiwilligen setzen. In der englischsprachigen Wikipedia wird der Begriff wie folgt definiert:

„Citizen science is a term used for projects or ongoing program of scientific work in which individual volunteers or networks of volunteers, many of whom may have no specific scientific training, perform or manage research-related tasks such as observation, measurement or computation.“

Projekte wie Galaxy Zoo in der Astronomie oder eBird in der Biologie zeigen eindrucksvoll das Potenzial der Citizen Science. Mit Blick auf die Bedeutung des Netzes für Citizen Science hat sich der Begriff „Citizen Cyberscience“ etabliert, der – so meine Wahrnehmung – insbesondere durch François Grey geprägt ist. Im letzten Jahr fand in London der erste Citizen Cyberscience Summit statt. Das Programm zeigt die Vielzahl der laufenden Projekte, bei denen „Laien“ bei der Erhebung und Analyse von wissenschaftlichen Daten tätig werden können. Darüber hinaus gibt es Projekte wie SETI@home, Einstein@Home oder LHC@home, bei denen Freiwillige ein wissenschaftliches Vorhaben durch Rechenleistungen unterstützen können.

Auch in Deutschland gibt es einige Citizen Science Projekte, insbesondere im Bereich der Ornithologie. Hier ist es der Naturschutzbund Deutschland (NABU), der regelmäßig Interessierte zur Beteiligung an Aktionen wie der „Bundesweite Kuckucks-Kartierung„(2008) oder zur „Stunde der Gartenvögel“ (2010, 2011) aufruft. Ein weiteres Beispiel aus der Biologie ist das Projekt „Tagfalter-Monitoring Deutschland„. Hier erfassen Freiwillige tagesaktive Schmetterlinge. Das Projekt wird vom Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ) wissenschaftlich begleitet und durch verschiedene Naturschutzverbände sowie das Bundesamt für Naturschutz (BfN) unterstützt.

Weitere Projekte in Deutschland:

Über Hinweise auf weitere Projekte in Deutschland, gerne als Kommentar, freue ich mich.