Archiv der Kategorie: Forschungsdaten

Kurz: Open Science in der pharmazeutischen Chemie, SCOAP3-Auschreibung, GMS ausgezeichnet, Neelie Kroes zu Open Data

Veröffentlicht am von

Open Science: In der aktuellen Ausgabe der Nature Chemistry beschreiben Woelfle et al. das Potenzial der „Open Science“ für die pharmazeutische Chemie:

„An open-source approach to the problem of producing an off-patent drug in enantiopure form serves as an example of how academic and industrial researchers can join forces to make new scientific discoveries that could have a huge impact on human health.“

SCOAP3: Der Prozess der Ausschreibung startet. Interessant ist der Blick in die Ausschreibungsunterlagen.

„An international team of experts from institutions participating in SCOAP3 has prepared a detailed description of the peer-review and open access services that the consortium intends to purchase through high-quality peer-reviewed journals, the conditions for the provision of these services and the implications on existing licensing agreements.“

Ausgezeichnet: German Medical Science (GMS), das medizinische Open-Access-Publikationsportal der ZB MED, ist nun ein ausgewählter Ort der Initiative  „Land der Ideen 2011“.

Open Data: Die EU-Kommissarin für die „Digitale Agenda“ Neelie Kroes hat das OpenForum Europe mit einer lesenswerten Rede („Opening up Europe: from Common Standards to Open Data“) eröffnet. Das Transkript ist online.

„Because research in genomics, pharmacology or the fight against cancer increasingly depends on the availability and sophisticated analysis of large data sets. Sharing such data means researchers can collaborate, compare, and creatively explore whole new realms. We cannot afford for access to scientific knowledge to become a luxury, and the results of publicly funded research in particular should be spread as widely as possible.“

Kurz: „Data-Sharing-Policies“; CiteULike als Repositorium; Forschungsdaten-Symposium; Verwaiste Werke

Veröffentlicht am von

Zoë Corbyn schreibt in der aktuellen Ausgabe der Nature anhand zwei aktueller Studien (Alsheikh–Ali et al. und Piwowar) über die Herausforderungen und Chancen von „Data-Sharing-Policies“:

„Adherence to data-sharing policies is as inconsistent as the policies themselves.“

CiteULike Gold, der Premiumdienst des webbasierten Literaturverwaltungsdienst, bietet nun eine „Repositorienfunktion“:

„CiteULike Gold users can now make their attachments visible to everyone, e.g., for self-publishing articles.“

Am 29. September 2011 findet an der Universität Potsdam ein interdisziplinäres Symposium zum Umgang mit Forschungsdaten für die Region Berlin-Brandenburg statt. Die Anmeldefrist endet am 15. September 2011.

„ Ziel des Symposiums ist es, die verschiedenen Wissenschaftsdisziplinen in der Region Berlin-Brandenburg zusammenzubringen, um sich über die übergeordneten Aspekte der Umgangsweise mit Forschungsdaten auszutauschen.“

IUWIS weist auf die öffentliche Sitzung des Rechtsausschuss des Deutschen Bundestages am  19. September 2011 zum Themenkomplex der verwaisten und vergriffenen Werke im Urheberrecht hin und dokumentiert die Stellungnahmen der eingeladenen Sachverständigen.

Kurz: Krebsforscher wünschen Open Access; JISC-Report zu Publikationsgebühren; Start von ELIXIR; Buchmesse

Veröffentlicht am von

Eingeleitet durch das Präfix „Kurz:“ werde ich in den kommenden Wochen versuchen aktuellen Meldungen rund um das wissenschaftliche Publizieren im Netz kurz und knapp zu dokumentieren.

Im Rahmen des EU-Projektes Eurocancercoms wurde die Einstellung von Krebsforscherinnen und -forschern zu Open Access untersucht:

 „The survey revealed that the internet is used by 94% of cancer researchers for professional activities every day, with the majority accessing PubMed and online journals daily or 2-3 times a week. […] With nearly three quarters of survey respondents having already published work in Open Access journals, the survey indicates a growing acceptance of the OA route to publication. Even more convincing is the finding that 88% of respondents believe that publicly funded research should be made available to be read and used without access barriers.“

JISC hat einen interessanten Workshop-Report zum Umgang mit Open-Access-Publikationsgebühren veröffentlicht: (Dank an Birgit Schmidt für den Hinweis.)

„On 25 May 2011, JISC Collections organised a workshop of publishers, libraries and funders, to discuss the organisational and administrative issues around the transition to open access models for scholarly journal publishing, particularly the future of the hybrid model.“

ELIXIR: Dänemark, Finnland, Großbritannien, Niederlande und Schweden haben gemeinsam mit dem European Molecular Biology Laboratory (EMBL) eine Memorandum of Understanding zur Umsetzung des Infrastrukturvorhabens ELIXIR unterzeichnet:

„ELIXIR is a pan-European initiative to operate a sustainable infrastructure for managing and safeguarding biological information in Europe. It will secure public access to information about the building blocks of life, including genes, proteins and complex networks. This will support life science research and its translation to medicine and the environment, the bio-industries and society to deliver economic growth.“

Im Rahmen der Frankfurter Buchmesse findet am 14. Oktober 2011 ein Symposium zum Thema „Economy and Acceptance of Open Access Strategies“ statt.

Open-Access-Tage 2011: Anmeldung eröffnet

Veröffentlicht am von

In diesem Jahr finden die Open-Access-Tage bereits zum fünften Mal statt. Gastgeberin ist vom 4. bis 5. Oktober 2011 die Universität Regensburg. Veranstaltet wird die Fachkonferenz von der Informationsplattform open-access.net und ihren Partnern.

Die Konferenz richtet sich an Personen aus Wissenschaft, Wissenschaftsmanagement, Verlagen und Infrastruktureinrichtungen aus Deutschland, Österreich und der Schweiz. Neben Vorträgen im Plenum besteht in vielen Sessions die Möglichkeit zur Diskussion. Teil der Veranstaltung ist wie in den Vorjahren die Open-Acces-Messe, auf der sich Open-Access-Projekte, -Verlage, -Zeitschriften, -Repositorien und weitere Akteure präsentieren können.

Die Anmeldung ist eröffnet und das Programm wächst und gedeiht. Als Mitglied des Programmkomitees würde ich mich freuen auch einige wisspub-Leserinnen und Leser in Regensburg sehen zu können. (Hashtag: #OAT11)

Britisches Parlament empfiehlt innovative Peer-Review-Verfahren

Veröffentlicht am von

Wie bereits berichtet, hat das Science and Technology Committee des britischen Parlaments im Januar eine Kommission zur Untersuchung von Peer-Review-Verfahren im Bereich der Wissenschaftskommunikation eingesetzt. In einer öffentlichen Konsultation und anschließenden Expertenbefragungen (1, 2, 3) sollten Stärken und Schwächen sowie Alternativen untersucht werden.

Diese Woche veröffentlichte die Kommission nun einen 254 Seiten umfassenden Report (plus Anhang). Das Dokument bietet einen guten Überblick über aktuelle Trends rund um das wissenschaftliche Publizieren. Dabei stehen die Statements der befragten Experten im Vordergrund.

Die Empfehlungen der Kommission sind lesenswert. Wenig überraschend ist, dass viele Entwicklungen im Kontext von Open Access aufgegriffen werden. So fordert die Kommission beispielsweise, dass Forschungsdaten die Grundlagen einer Publikation sind nach Möglichkeit „widely and freely“ zugänglich gemacht werden (S. 3). Weiter wird das Potenzial von innovativen Verfahren zur Qualitätssicherung betont:

„Innovative ways to improve current pre-publication peer-review practices are highlighted in the report, including the use of pre-print servers, open peer review, increased transparency and online repository-style journals.  The growth of post-publication peer review and commentary also represents an enormous opportunity for experimentation with new media and social networking tools, which the Committee encourages.“

„What If the Web Really Worked for Science?“

Veröffentlicht am von

Dieser zentralen Frage geht James Boyle, Jura-Professor und Mitbegründer des Center for the Study of the Public Domain an der Duke Law School in einem kurzweiligen und wenig juristischen Vortrag nach. Auszug:

„The World Wide Web was invented for science. It was invented to help spread scientific research, to connect researchers, to make information search and retrieval global and easy. It has worked, to some extent. But the irony today, is that it is easier to use the Web to search for shoes, books, or porn, than to use it for scientific research. Scholarly articles reporting the results of publicly funded scientific research languish behind paywalls, protected by copyright and digital rights management. Databases are incompatible, and their legal accessibility often unclear.“

Boyle plädiert für die Schaffung eines Anreizsystems, das das „Sharing“ von Wissen und Information im Sinne des Open Access in den Vordergrund stellt und belohnt.  Eine Aufzeichnung seines Vortrags steht bei YouTube (sogar in HD) bereit:

(via Michael Nielsen)

BMBF-Thesenpapier zum zukünftigen Internet

Veröffentlicht am von

Das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) hat im Rahmen der Konferenz „Zukünftiges Internet“ (Berlin, 05.07 -06.07.2011) eine Thesenpapier (PDF) zum zukünftigen Internet veröffentlicht. Das Papier umfasst zehn Thesen, die aus Sicht des Ministeriums zentrale Punkte bei der Entwicklung des Internets aufgreifen. Einen Bericht zur Konferenz von Richard Sietmann findet sich auf heise online.

Für mich etwas überraschend findet die Bedeutung des Internets für Forschung und Lehre keine eigenständige Betrachtung in den BMBF-Thesen. Wer sich jedoch einen Überblick über Stand und Entwicklung der digitalen und vernetzten Forschung in Deutschland machen will, kann sich durch den jetzt erschienen Tagungsband (PDF) der Konferenz „Digitale Wissenschaft 2010“ klicken, den wisspub-Kollege Cornelius Puschmann mit herausgegeben hat.

In 28 Beiträge von 61 Autorinnen und Autoren werden auf 210 Seiten die Themenfelder „Digital Humanities“, „Wissenschaftskommunikation und Web 2.0“, „E-Science und Forschungsdatenmanagement“ sowie „Elektronisches Publizieren und Open Access“ behandelt. (Disclosure: Auch ein Beitrag von mir ist enthalten.)

Europäische Universitäten veröffentlichen Open-Access-Positionspapier

Veröffentlicht am von

Die League of European Research Universities (LERU) hat ein Positionspapier zu Open Access veröffentlicht. Das Papier „The LERU Roadmap Towards Open Access“ (PDF) wurde am 17. Juni in Brüssel vorgestellt.

Die LERU wurde 2002 gegründet und ist eine europäische Vereinigung von einundzwanzig „research-intensive“ Universitäten. Deutsche Mitglieder sind die Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, die Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg und die Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU).

Passend zur Veröffentlichung des Positionspapier hat die LMU einen kurzen Film zum Thema Open Access veröffentlich. In dem Video beschreiben Angehörige der Universität die Vorteile von Open Access. Interessant ist auch der Start des Forschungsdaten-Repositorium „Open Data LMU“ .  Mit diesem ist die LMU wohl die erste deutsche Hochschule die ihren Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler ein eigenständiges und interdisziplinäres Repositorium für wissenschaftliche Daten bereitstellt.

Kriterien zur Zukunft des wissenschaftlichen Journals

Veröffentlicht am von

In eigener Sache: Auf beyondthejournal.net ist eine überarbeite und englischsprachige Version von Kriterien zur Zukunft der wissenschaftlichen Zeitschrift zu finden. Die Version stammt aus der Feder von Daniel Mietchen, Lambert Heller und mir. Der Text entstand im März 2011, er hat es jedoch erst jetzt ins Web geschafft. Auszug:

Dynamics: Research is a process. The scientific journal of the future provides a platform for continuous and rapid publishing of workflows and other information pertaining to a research project, and for updating any such content by its original authors or collaboratively by relevant communities.

Scope: Data come in many different formats. The scientific journal of the future interoperates with databases and ontologies by way of open standards and concentrates itself on the contextualization of knowledge newly acquired through research, without limiting its scope in terms of topic or methodology.

Access: Free access to scientific knowledge, and permissions to re-use and re-purpose it, are an invaluable source for research, innovation and education. The scientific journal of the future provides legally and technically barrier-free access to its contents, along with clearly stated options for re-use and re-purposing.

Replicability: The open access to all relevant core elements of a publication facilitates the verification and subsequent re-use of published content. The scientific journal of the future requires the publication of detailed methodologies, including all data and code, that form the basis of any research project.

Review: The critical, transparent and impartial examination of information submitted by the professional community enhances the quality of publications. The scientific journal of the future supports post-publication peer review, and qualified reviews of submitted content shall always be made public.

Presentation: Digitization opens up new opportunities to provide content, such as through semantic and multimedia enrichment. The scientific journal of the future adheres to open Web standards and creates a framework in which the technological possibilities of the digital media can be exploited by authors, readers and machines alike, and content remains continuously linkable.

Transparency: Disclosure of conflicts of interest creates transparency. The scientific journal of the future promotes transparency by requiring its editorial board, the editors and the authors to disclose both existing and potential conflicts of interest with respect to a publication and to make explicit their contributions to any publication.

Der Text steht unter einer CCo-Lizenz. Kommentare sind auf beyondthejournal.net willkommen. Bearbeitungen sind erwünscht.

Offene EHEC-Forschung

Veröffentlicht am von

Das Potenzial des Webs für die Wissenschaft lässt sich dieser Tage am Beispiel der EHEC-Forschung dokumentieren. Kai Kupferschmidt schildert die Entwicklungen rund um die Sequenzierung des EHEC-Erregers vor Tagen in der Science wie folgt: „scientists around the world […] are analyzing available genomic data on the fly and, via tweets, wikis, and blogs, disseminating results online“.

Die Bedeutung von Blogs und Wikis bei der EHEC-Forschung wird in einem äußerst lesenswerten Interview mit der Bioinformatikerin Marina Manrique, das Tobias Maier in seinem Blog WeiterGen veröffentlicht hat, deutlich. Manrique arbeitet für die spanische Biotech-Firma Era7 und ist mit der Auswertung der EHEC-Sequenzen beschäftigt. Auszug aus dem Interview:

„Es ist fantastisch zu sehen, wie weltweit Wissenschaftler angefangen haben, zusammen diese Daten zu analysieren. […] Die Freigabe der Rohdaten durch BGI, Lifetech und der Health Protection Agency Großbritannien war entscheidend für dieses Crowdsourcing-Bewegung, genauso wie die Nutzung von Twitter, GitHub und die privaten Blogs. […]  Am wichtigsten ist, dass dadurch dass wir unsere Ergebnisse Open-Access publizieren, vor allem unter CC0 Lizenz, wir allen Menschen die Möglichkeit geben kostenlos auf die komplett öffentlich zugänglichen Daten zu zu greifen.

Wie schnell und unbürokratisch die Forschung des Teams um  Manrique ablief erklärt sie in ihrem Blog:

During the morning sessions of the second day (2nd of June) BGI announced the release of the sequencing data of 5 IonTorrent chips […]. Just some hours later Nick Loman […] published a de novo assembly of the reads with MIRA in his blog […] . And then, some hours later (in the morning of the 3rd of June) we published the annotation of the Nick’s assembly in our website. We annotated it with the pipeline (BG7 pipeline) we were presenting at the conference […].

Die Bedeutung von Blogs, die eine schnelle und niedrigschwellige Kommunikation fördern, lässt sich z.B. an Blogposts von Nick Loman (Pathogens: Genes and Genomes) und Kat Holt (bacpathgenomics) und den dort erwähnten Referenzen zeigen.

Verschiedene kommerzielle und öffentliche Forschungseinrichtungen haben EHEC-Daten, zum Teil unter Creative-Commons-Lizenzen, zur Nachnutzung veröffentlicht. So z.B. die Health Protection Agency in Großbritannien oder das chinesische Beijing Genomics Institute (BGI) und das Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf. Die Daten der beiden letztgenannten Organisationen wurden unter CC0 veröffentlicht und sind darüber hinaus über einen Digital Object Identifier (DOI) eindeutig adressierbar.

Eine kollaborative Analyse der EHEC-Daten wird auf GitHub betrieben. Interessant ist, dass mit GitHub eine Plattform genutzt wird, die nicht von einer wissenschaftlichen Infrastruktureinrichtung geschaffen wurde, sondern von einem kommerziellen Hostingservice zur Software-Entwicklung.